输卵管囊肿有可能自行消失，但仅限于特定情况。部分体积较小的囊肿，例如因排卵后卵泡液积聚形成的生理性囊肿，或者炎症初期形成的轻微积液囊肿，在身体自行吸收炎症或完成生理周期后，可能会逐渐缩小直至消失。这类囊肿通常不会引起明显症状，且在超声检查中呈现为边界清晰、透声良好的液性暗区。

但大多数输卵管囊肿，尤其是因输卵管伞端粘连闭锁导致管腔内液体持续积聚形成的囊肿，或由子宫内膜异位症、盆腔感染等病理因素引发的囊肿，通常不会自行消退。这类囊肿可能逐渐增大，甚至引发腹痛、月经异常等症状。若囊肿长期存在且直径超过一定范围，可能压迫周围组织，影响生殖功能。发现囊肿后需通过超声检查动态监测其变化，若持续存在或症状加重，应及时就医评估是否需要治疗。